Esta prueba evalúa todas las bases del genoma, incluyendo las regiones no codificantes. Tiene como ventaja que es la mejor prueba para la detección de nuevas variantes genéticas y estructurales que no se asociaban previamente con el cuadro clínico que se iba a estudiar. Es de gran utilidad en enfermedades genéticas raras en las que no es posible llegar al diagnóstico por medios convencionales, es decir, en las que hay una gran cantidad de diagnósticos y cuando el fenotipo del paciente pueda ser explicado por una variante de novo. Además, es la prueba con menos sesgos durante el análisis de genes, debido a que la secuenciación no está dirigida hacia genes específicos.

Este test incluye todo

La «Secuenciación Completa del Genoma» es el examen más completo de secuenciación de nueva generación (NGS) que secuencia los intrones y exones de los 20,000 genes del genoma humano, regiones no codificantes (incluyendo secuencias reguladoras), CNVs (variación en el número de copias) y ADN mitocondrial. Este examen es una poderosa herramienta para diagnosticar miles de enfermedades genéticas. Es importante señalar que la Secuenciación Completa del Genoma no identifica las enfermedades genéticas causadas por expansiones de nucleótidos, disomía uniparental o imprinting.

Tecnología de la secuenciación del genoma completo

La secuenciación del genoma completo representa la determinación de la secuencia completa de ADN del genoma de un organismo en un solo momento, lo que incluye el ADN cromosómico así como el ADN contenido en las mitocondrias y los cloroplastos. La secuenciación del genoma completo proporciona una herramienta poderosa tanto para la secuenciación de novo como para la resecuenciación . La secuenciación de novo se refiere a la secuenciación de un nuevo genoma sin una secuencia de referencia disponible. La secuenciación de novo genera el primer mapa del genoma de una especie, proporcionando así una secuencia de referencia valiosa para la resecuenciación. 

Desafíos de la secuenciación NGS

La secuenciación de nueva generación (Next Generation Sequencing [NGS]) es un grupo de tecnologías diseñadas para secuenciar gran cantidad de segmentos de ADN de forma masiva y en paralelo, en menor cantidad de tiempo y a un menor costo por base. Su uso se dio inicialmente para detectar variantes de nucleótido único y cada vez se ha desarrollado para otro tipo de variantes, como inserciones, deleciones y grandes rearreglos. Esta estrategia es suma utilidad para la prevención, el diagnóstico, el tratamiento y el seguimiento de un amplio espectro de enfermedades, incluidas condiciones genéticas, patologías crónicas y enfermedades infecciosas, y se prevé que en un futuro cercano su creciente aplicación clínica generará resultados favorables para lograr el diagnóstico molecular en un número mayor de pacientes y a un menor costo. Es creciente el uso actual de las pruebas basadas en NGS; sin embargo, aún existe incertidumbre sobre aspectos importantes como las indicaciones adecuadas para su uso, limitaciones de la técnica (sensibilidad y especificidad), reporte de variantes, interpretación de resultados, relación costo-beneficio y cobertura en el Plan Nacional de Salud.

Resecuenciación del genoma completo

La resecuenciación del genoma completo puede identificar biomarcadores de ADN como polimorfismo de un solo nucleótido (SNP), inserciones y eliminaciones (indeles), variaciones de estructura (SV), variaciones del número de copias (CNV) y otros cambios genéticos de las especies secuenciadas con alta precisión. También brinda una oportunidad sin precedentes para caracterizar las variantes polimórficas en una población, lo que desentraña de manera integral los mecanismos subyacentes del origen, desarrollo, crecimiento y evolución de las especies. Es más, la resecuenciación del genoma completo es una parte indispensable del estudio de asociación de todo el genoma (GWAS), donde se evalúan variantes genéticas comunes en diferentes individuos para determinar si una variante está asociada con un fenotipo particular. GWAS se puede utilizar ampliamente en seguridad alimentaria, agricultura y farmacia, especialmente en medicina personalizada.

Interpretación y validación de hallazgos

Para la correcta interpretación de datos, en primer lugar, se debe verificar la calidad de los datos secuenciados.

La interpretación de cada resultado en las pruebas NGS es compleja, ya que, al secuenciar una mayor cantidad de genes, se pueden evidenciar un mayor número de variantes genéticas incidentales que no presentan significado conocido para la definición de un plan de acción. La mayoría de estas variantes desconocidas pueden no conceder riesgo en un individuo sano, pero también existe la posibilidad de que sea una nueva variante patogénica. Se ha reportado que, en un individuo sano, del 100 % de variantes encontradas, solo el 60 % tiene probabilidades reales de asociarse a enfermedad. Las VUS, aunque actualmente no pueden ser clasificadas como causales de enfermedad, pueden cambiar su clasificación según la aparición de nueva evidencia que las clasifique como patogénicas o benignas.

Valor predictivo

El porcentaje de predicción de estos programas es de aproximadamente del 65 % al 80 % para variantes localizadas en regiones codificantes, lo que no garantiza que la predicción sea un 100 % correcta.

En caso de que todavía existan dudas sobre la significancia clínica de los hallazgos o aún no se hayan identificado variantes que expliquen la clínica del paciente, se puede considerar como opción la secuenciación de los familiares del paciente para ayudar a clarificar la relación de la presencia de una variante con la presentación de la enfermedad. Además, se debe contemplar la recomendación de no entregar resultados definitivos basados en una solo prueba NGS, para disminuir la probabilidad de error, y en este sentido tener presente la posibilidad de confirmación de hallazgos con secuenciación Sanger u otras técnicas ortogonales, según el hallazgo.